การทำงานของ บก.ตอท. จะมีงานในส่วนของ กลุ่มงานตรวจพิสูจน์พยานหลักฐานดิจิทัล ที่มีลักษณะการทำงานคล้ายกับ สำนักงานพิสูจน์หลักฐานตำรวจ โดยในส่วนของ บก.ตอท.จะรับผิดชอบการตรวจพิสูจน์พยานหลักฐานดิจิทัลที่มีความซับซ้อนเป็นหลัก ได้แก่ ระบบคอมพิวเตอร์ขนาดใหญ่ ระบบคลาวน์ การโจมตีระบบคอมพิวเตอร์ การกู้ข้อมูล งานที่เกี่ยวข้องกับไวรัสคอมพิวเตอร์ เป็นต้น